JeBiF Workshop @ JOBIM 2022 Rennes
JeBiF organise son workshop annuel lors de JOBIM2022 à Rennes.
Date et lieu
Quand ? Lundi 4 juillet et Mardi 5 juillet 2022
Où ? A l’INRIA de Rennes
Calendrier
- Ouverture des inscriptions : 9 mai
- Fermeture des inscriptions : 3 juillet
Pour vous inscrire : https://jebif.fr/events/workshop-jebif-jobim-2022-rennes/
Keynote
Yann Le Cunff
One of the key challenges bioinformatics has been tackling consists in organizing and interrogating large knowledge structures, e.g. aligning multiple long sequences, rebuilding large scale interaction network or exploiting structured annotations (ontologies). On the other hand, machine learning (ML) technics applied to biology have achieved state-of-the-art performances sometimes relying very little on such prior expert knowledge. For instance, multiple ML methods, especially concerning personalized medicine, managed to properly diagnose a disease or cluster patients solely based on « raw biological data », disregarding almost any type of extra knowledge. Yet, these « blind » approaches 1) usually rely on a large amount of data to learn from and 2) do not always provide interpretability tools – that is, a better understanding about the algorithm’s decision process.
In this talk, we will explore how prior expert knowledge can be leveraged to improve ML algorithms application to health/biology. More precisely, we will focus on two examples : 1) automatic functional annotation of enzymes, based on sequences and 2) automatic diagnosis based on patients’ microbiota. In both cases, we will highlight how prior expert knowledge improves either performance or interpretability of the underlying ML method. Finally, we will discuss some further challenges at the interface between classic bioinformatics approaches and ML algorithms.
Présentations flash de poster
Vous avez un poster accepté à JOBIM 2022 ? Nous vous proposons d’en faire une présentation lors de notre workshop pour nous donner envie de venir le voir.
La soumission pour les présentations flash se fait en même temps que l’inscription au workshop.
Social Event
Le soir du lundi 4 juillet aura lieu un social event.
Programme
Les horaires sont indicatifs et sont encore à même de changer
Lundi 4 juillet
À partir de 14h : Accueil
14h30 : Introduction
14h40 : Keynote de Yann Le Cunff
15h40 : Pause
16h10 : Présentation flash de posters
16h40 : Présentation de JeBiF + Ice-breaking
A partir de 20h : Social event
Mardi 5 juillet
À partir de 9h : Accueil
9h30 : Table ronde
Vers 10h15 : Pause
12h : Départ groupés pour JOBIM
Comité d’organisation
Victor Grentzinger
Emma Corre
Sarah Guinchard
Slim El Khiari
Klaus von Grafenstein
Xavier Bussell
Mathias Galati