Lyon (JOBIM 2016)

La Bioinformatique : Aujourd’hui et demain  | JeBiF Workshop @ JOBIM 2016 Lyon

L’association des Jeunes Bioinformaticiens de France sera de nouveau présente en 2016 lors de JOBIM, la conférence de la bioinformatique francophone organisée sous l’égide de la SFBI.

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Programme

  • Quand ? Lundi 27 juin 2016 de 9h à 18h
  • Où ? IBCP, 7 Passage du Vercors, Lyon 7

Inscriptions

L’inscription à la journée est gratuite mais obligatoire et est indépendante de l’inscription à JOBIM. Elle inclut la participation à la journée, les pauses cafés et le déjeuner. Le dîner sera à la charge des participant·e·s.

Pour vous inscrire, merci de remplir le formulaire en suivant ce lien.


Keynote

François Képès : L’avenir de la biologie aux interfaces des autres disciplines.

François KepesLa découverte en biologie a depuis un demi-siècle vécu plusieurs phases durant lesquelles son efficacité a progressé de manière radicale. L’analyse de ces phases fait apparaître le rôle crucial d’autres disciplines venant fertiliser la biologie au moment où elles y trouvent un défi attrayant. Cette analyse permet aussi de projeter un avenir, certes flou. Il semble qu’après avoir conquis dans le domaine du vivant une capacité à apporter des explications scientifiques, nous progressions vers la possibilité de controller, puis de synthétiser, des systèmes biologiques.
L’exposé parcourra brièvement quelques étapes-clés franchies par la découverte en biologie, puis illustrera quelques succès de la biologie aux interfaces d’autres disciplines, avant de proposer un aperçu des développements à venir.

François Képès est un biologiste cellulaire dont les approches mêlent les biologies moléculaire, des systèmes et de synthèse et la bioinformatique. Les travaux actuels de son équipe d’une douzaine de chercheurs portent sur la dynamique et le déploiement spatial des réseaux régulatoires de la cellule. L’objectif en est de comprendre les liens entre le plan du génome, le reploiement du chromosome, et l’expression des gènes. Son ambition est de concevoir pour la première fois ab initio un génome bactérien fonctionnel.

François Képès est directeur de recherche au CNRS, co-fondateur et directeur du Programme d’Épigénomique (Genopole), et directeur de l’institut de Biologie des Systèmes et de Synthèse (iSSB — Genopole, CNRS, Univ. Évry). Il est Professeur Invité à Imperial College London. 

 


Planning

À partir de 9h : Accueil / Pause café
10h00 – 10h20 : Présentation de l’association et du Student Council
10h20 – 11h15 : Session 1. Public, privé, quelles différences ?
11h15 – 11h30 : Présentation de BIOASTER
11h30 – 12h30 : Session 2. La bioinformatique face aux défis du monde médical
12h30 – 14h00 : Déjeuner
14h00 – 15h20 : Session 3. Rock your science : l’importance des compétences personnelles
15h20 – 15h30 : Présentation de bioinfo-fr
15h30 – 16h40 : Session 4. L’importance du réseau professionnel
16h40 – 17h00 : Pause
17h00 – 18h00 : Keynote : L’avenir de la biologie aux interfaces des autres disciplines. François Képès

À partir de 19h : Diner convivial au Tu Esquina. À la charge des participant·e·s (environ 15€/personne + boissons).

Le planning est donné à titre indicatif et est susceptible de changer.


Intervenants

magaliMagali Michaut

Netherlands Cancer Institute

Ingénieur de formation, Magali a effectué ses premiers pas en recherche au sein du CEA Saclay en étudiant notamment les réseaux d’interactions protéine-protéine chez les bactéries. Après un séjour à l’EBI à Hinxton (UK), elle a obtenu une thèse en bioinformatique à l’Université d’Orsay. Elle a ensuite porté ses recherches sur les interactions génétiques chez la levure au cours d’un postdoc avec Gary Bader à l’Université de Toronto (Canada). C’est finalement au Netherlands Cancer Institute à Amsterdam (Pays-Bas) qu’elle a posé ses valises et où elle a obtenu un poste de chercheur en génomique du cancer.

Magali a été fortement impliquée dans le Student Council de l’ISCB, dont elle a été élue secrétaire, et a en particulier créé le RSG-France (association JeBiF) lors de la fin de sa thèse. Elle a également fait partie du bureau de la SFBI pendant trois ans.

 

Guy Perrièreguyperrière2

LBBE, Université Claude Bernard, Lyon 1

Guy Perrière est directeur de recherche au CNRS. Il est directeur du Pôle Rhône-Alpes de Bioinformatique et ancien président de la Société Française de Bioinformatique (SFBI). Sa thématique de recherche se situe dans les domaines de l’évolution et de la phylogénie moléculaire. Il a effectué, puis encadré, de nombreux développements relevant du domaine de la bioinformatique. Ces développements ont consistés en la construction de bases de données et en la mise en place de logiciels et de méthodes statistiques. Ses activités récentes se répartissent sur trois axes : i) mise en place de services pour l’identification taxonomique et fonctionnelle de séquences sur la base de critères phylogénétiques ; ii) développement d’outils de recherche de motifs dans les arbres phylogénétiques ; et iii) évolution et phylogénie des voies de signalisation moléculaires.

 

Marie de Tayracmariedetayrac

MCU-PH, IGDR, Rennes

Marie de Tayrac est maître de conférence à l’Université de Rennes 1. Travaillant au département à l’institut de génétique et développement de Rennes, ses compétences font d’elle une experte aussi bien en Bioinformatique, qu’en biologie et en médecine. Ses recherches actuelles tournent autour du développement d’outils informatiques permettant la détection de maladies génétiques. Ses résultats trouvent alors des d’applications directe en milieu hospitalier.

 

Marc Delogerphoto_id_Marc_Deloger

Plateforme de bioinformatique de Gustave Roussy

J’ai fait 2 années de prépa en électronique/informatique pour ensuite suivre les 4 années (DEUG/Licence/Maîtrise) de parcours biologie de la faculté de Versailles Saint-Quentin-en-Yvelines pour finalement associer mes 2 passions, la biologie et l’informatique lors du M2 « Bioinformatique et Génomique » avec notamment mon stage au MIG de l’INRA de Jouy-en-Josas.

J’ai poursuivi avec une thèse au LBBE à Lyon et un post-doc à l’INRA de Versailles sur l’expression des éléments transposables respectivement chez la drosophile et le tabac. Un deuxième post-doc à l’Institut Pasteur de Paris m’a permis de mettre un pied dans la transcriptomique humaine appliquée, ce qui m’a ensuite décidé à poursuivre dans l’analyse NGS de tout type en cancérologie à l’Institut Gustave Roussy de Villejuif et plus spécifiquement dans la médecine de précision.

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Jennifer Becq

Senior Bioinformatics Scientist at Illumina

Je suis experte bioinformaticienne du département « Population & Medical Genomics » à Illumina. Je supervise l’analyse bioinformatique de collaborations stratégiques et dirige le développement d’outils d’analyse de données illumina. Plus particulièrement je suis spécialisée dans l’analyse de génomes complets humains cancéreux avec pour objectif de développer la médecine de précision.

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Stéphane Dray

Chargé de Recherche CNRS

Mon travail de recherche se caractérise par une forte pluridisciplinarité en se situant à l’interface de la biologie et des mathématiques. Je m’intéresse plus particulièrement au domaine de l’ écologie (écologie des communautés, dynamique de population) et aux méthodes d’ analyses multivariées. Mon activité de biométricien me conduit à identifier et résoudre des problématiques statistiques originales associées à des questions intéressant les biologistes. La question biologique, via la consultation statistique, me mène ainsi au développement de méthodes et à leur distribution à l’ensemble de la communauté via le développement de logiciels. C’est dans ce contexte général que je réalise mes travaux de recherche au sein de l’UMR 5558 depuis mon intégration en avril 2005.

Je consacre une part importante de mon activité au développement et à la maintenance de logiciels statistiques. Je développe principalement des librairies pour le logiciel R (contributions aux librairies ade4, ade4TkGUI, adehabitat, adephylo , Guerry, maptools, spdep, etc.).

Yoann MouscazYoannMouscaz_profile

BIOASTER

Issu de la promotion 2011 du Master Bioinformatique de Bordeaux, Yoann a travaillé 4 ans à l’EPFL (Suisse). D’abord dans le laboratoire Trono puis dans le laboratoire Duboule, il fut ensuite rattaché à la plateforme de bioinformatique et de biostatistiques de l’EPFL où il a développé BioRepo, un LIMS (Laboratory Information Management System) pour les données issues de HTS.

Il est actuellement ingénieur bioinformaticien – software developer au sein de l’Institut d’Innovation Technologique en Microbiologie BIOASTER à Lyon.

Yoann est également l’un des co-fondateur de bioinfo-fr.net, blog communautaire scientifique francophone axé autour de la bioinformatique.

Yann Le Cunffphoto

MCU, IGDR, Rennes

Yann Le Cunff est enseignant-chercheur à l’université de Rennes 1, à l’interface entre mathématiques et biologie. Ses travaux portent sur les applications de la modélisation mathématique et des algorithmes d’apprentissage (« Machine Learning ») à la description de la division cellulaire. Auparavant, il a pu travailler sur des modèles d’évolution du vieillissement des organismes, ce qui l’a conduit à collaborer avec la compagnie d’assurance AXA, pour laquelle il continue de jouer un rôle de veille scientifique, notamment dans les domaines des données massives et des objets connectés. Enfin, il a également pu s’investir dans des problématiques de recherche participative au sein du Centre de Recherche Interdisciplinaire (www.cri-paris.org), où les nouvelles technologies servent de levier à l’innovation pédagogique. Aujourd’hui, il s’applique également à rapprocher monde de l’entreprenariat et formation universitaire.


Hébergements

Besoin d’un logement à Lyon pour pouvoir participer à JOBIM ? Des bioinformaticiens lyonnais proposent de vous accueillir. N’hésitez pas à vous inscrire. Attention, si votre participation à JOBIM est conditionnée à l’obtention d’un logement, ne vous inscrivez pas tant que vous n’avez pas de confirmation.
La priorité pour ces logements sera donnée aux étudiants de M2.

Pour vous inscrire pour obtenir un logement veuillez utiliser le formulaire disponible à cette page.

Lyonnais ? Vous avez de la place pour accueillir un ou plusieurs bioinformaticiens participant à JOBIM ? N’hésitez pas à nous le faire savoir en remplissant le formulaire à cette page.


Comité d’organisation

Julien Fumey
Léopold Carron
Emmanuelle Lastrucci
Nolwenn Lavielle
Julien Fouret
Sylvain Léonard
Gwenaëlle Lemoine