Quel bioinformaticien serez vous ? | JeBiF Workshop à Toulouse pour JOBIM 2013 : Cette année encore, JeBiF sera présent à JOBIM la conférence majeure de bioinformatique en France, organisée par la SFBI.

JOBIM2013

Nous avons préparé un workshop JeBiF sur Le quotidien des métiers de la bioinformatique s’adressant à tous les étudiants, doctorants, ingénieurs et post-docs intéressés par les débouchés en France ou à l’étranger, dans le public comme dans le privé, ainsi que par le futur de la bioinformatique. Nous souhaitons proposer une vision du quotidien des métiers de la bioinformatique. L’objectif de cet atelier est de discuter tous ensemble – sous forme de tables rondes – avec des intervenants qui apporteront toute leur expertise sur un sujet donné (voir le programme ci-dessous). Si tu es étudiant, doctorant, ingénieur ou post-doc et que les métiers de la bioinformatique t’interpellent, cette journée est pour toi!

Programme

Quand? Les Jeudi 4 Juillet 2013 de 14 à 19h et Vendredi 5 juillet de 9h à 12h.

Où? Le workshop aura lieu à la faculté de médecine Purpan de Toulouse (adresse : Faculté de Médecine Université Paul Sabatier – BU Santé Rangueil, 37 Allée Jules Guesde, 31000 Toulouse, infos pratiques ici).

Planning

Jeudi après-midi

14h00 – 14h30 : Accueil
14h30 – 14h40 : Ouverture de la journée
14h40 – 15h00 : JeBiF et les réseaux Regional Student Group (RSG)
15h00 – 16h00 : Être chercheur en 60.0002 minutes
16h00 – 16h30 : Pause
16h30 – 17h00 : Être un directeur de recherche et d’équipe
17h00 – 17h30 : Le quotidien d’un doctorant
17h30 – 18h00 : Présentation de la CJC et de bioinfo-fr
18h00 – 19h00 : Le recrutement, les concours de la fonction publique
19h00 – 19h15 : Clôture de la journée

Jeudi soir

20h00 – 23h00 : Diner à l’arrêt au port

Vendredi matin

09h00 – 09h30 : Petit-déjeuner
09h30 – 11h45 : Les ingénieurs en bioinformatique
11h45 – 12h00 : Clôture du Workshop

Le programme est susceptible de varier, et nous mettrons à jour les intervenants au fur et à mesure.

Inscriptions

Les inscriptions sont colturées.
Merci de votre compréhension.

Intervenants

Anne-Laure Abraham – INRA

Anne-Laure est ingénieure de recherche à l’INRA de Jouy en Josas depuis 2011. Elle partage son temps entre 3 équipes de biologistes et fait des analyses et du développement en génomique et métagénomique sur différents projets.
Après un master 2 en bioinformatique, elle a effectué une thèse sur les répétitions dans les gènes et les structures 3D des protéines. Elle a ensuite réalisé 2 post-docs, un sur des études épigénétiques chez la levure et un second sur la réponse immunitaire chez Arabidopsis thaliana.
Benjamin Bardiaux – CNRS UMR 3528

Benjamin est Chargé de Recherche (CR2) au CNRS depuis Décembre 2012.
Après une thèse à l’Unité de Bioinformatique Structurale (Institut Pasteur, Paris) et la Freie Universität Berlin, il a effectué un post-doctorat au Leibniz-Institut für Molekulare Pharmakologie (Berlin).
Et depuis Décembre 2012, il est chargé de recherche (CR2) au CNRS (UMR 3528 « Biologie structurale des processus cellulaires et maladies infectieuses» à l’Institut Pasteur).
Virginie Calderon – CNRS

Après un Master professionnel de Bioinformatique, Virginie a intégré l’équipe de Génomique et Systèmes Intégrés du Laboratoire de Microbiologie et Génétique Moléculaires (CNRS-Université Paul Sabatier-Toulouse) pour effectuer sa thèse. Elle a obtenu un poste d’ATER qui lui permet actuellement de terminer sa quatrième année de thèse. Virginie a utilisé des approches de génomique comparative, de reconstruction phylogénétique et d’états ancestraux, et de détection d’évènements de recombinaison pour étudier les dynamiques évolutives de la famille multigénique Chaperon-Usher. Dans le cadre d’un projet Européen ADH-RES, elle a analysé des données transcriptomiques d’isolats cliniques de patients atteints de la mucoviscidose afin de suivre l’infection aux bactéries du genre Pseudomonas pour établir les signatures d’ADHESION-RESISTANCE aux antibiotiques et mieux comprendre les mécanismes de formation de biofilm et de résistance aux antibiotiques.
Cyprien Guérin – MIG INRA

Cyprien Guérin est ingénieur d’étude à MIG à l’INRA de Jouy en Josas depuis 2011. Il travaille sur le traitement et l’analyse de données transcriptomiques à haut-débit.
Auparavant, il a obtenu un master en bioinformatique à Paris 7 en 2009. Il a travaillé 2 ans à MIG sur des analyses génomiques de levure oenologique et sur l’annotation de génomes de champignons.
Frédéric Lemoine – GenoSplice

Frédéric est bioinformaticien chez GenoSplice, une entreprise de service en bioinformatique spécialisée dans l’analyse de données génomiques.
Lors de sa thèse en Bioinformatique à l’Université Paris-Sud, il a travaillé sur l’intégration, l’interrogation et l’analyse de données de génomique comparative. Frédéric s’est tourné vers l’analyse de données de séquençage à haut débit lors de son postdoc à l’Université de Lausanne, durant lequel il s’est concentré sur le séquençage des petits ARNs.
Aujourd’hui, chez GenoSplice, il est responsable des projets bioinformatiques de séquençage à haut débit, et plus particulièrement de RNA-Seq
Hugues Richard – CNRS

Hugues est Maitre de Conférence depuis 2009 au laboratoire de Génomique des Microorganismes (CNRS – l’Université Pierre et Marie Curie).
Dans le groupe de génomique analytique, Hugues travaille sur différents problèmes liés au fonctionnement et à l’évolution des systèmes biologiques. Il utilise des outils mathématiques (statistiques et combinatoire), d’algorithmiques et de physique moléculaire pour étudier les principes de base du fonctionnement cellulaire à partir de données génomiques. Ce travaille vise en particulier à comprendre les principes de base de l’évolution et de co-évolution des structures moléculaires dans la cellule.
Hugues est diplomé d’un Master en Mathématiques “Analyse et Processus stochastiques” (université de Marne-la-Vallée). Il a effectué une thèse, à l’Université d’Evry, portant sur la prédiction de la localisation subcellulaire de protéines dans la cellule.
Après ce doctorat et un ATER à Evry, il effectue 3 ans de post-doctorat dans le groupe “Computational Molecular Biology” à l’Institut Max Planck de génétique moléculaire, à Berlin
Sophie Schbath – MIG INRA

Sophie Schbath est directrice de l’unité MIG à l’INRA de Jouy en Josas. Elle est également présidente de la SFBI et vice présidente du GDR Bioinformatique moléculaire.
Après une thèse soutenue en 1995, elle est entrée à l’INRA en 1996. Elle a effectué un post doc dans l’équipe de Simon Tavaré et Michael Waterman. Elle fait partie de l’unité MIG depuis 2000 et a soutenu son HDR en 2003. Ses travaux portent principalement sur l’analyse statistique de motifs dans des séquences biologiques, avec des application par exemple en génomique comparative, en particulier pour la recherche de matchs exacts entre génomes.
Nizar Touleimat – CNG – CEA

Nizar a une formation initiale en biologie cellulaire et moléculaire, suivie d’un master en bioinformatique. Il a ensuite effectué une thèse de bioinformatique, de 2004 à 2008, avec une co-direction Institut Curie (Orsay) / laboratoire IBISC (Université d’Evry). Le sujet de sa thèse concernait l’analyse de la réponse transcriptomique de la levure aux radiations forte dose à partir de cinétiques d’expressions de gènes en utilisant une stratégie de perturbations génétiques. Lors de cette thèse il a appliqué des méthodes de type clustering spectral et de raisonnement automatique pour reconstruire un réseau de régulation de gène impliqué dans la réponse à l’irradiation.
Nizar a ensuite effectué un post-doctorat à l’Université Catholique de Louvain, de 2008 à 2010, sur un sujet appliqué à l’industrie pharmaceutique, financé par la société GSK. A partir de données d’expression et en utilisant des approches de type feature selection associées à des classifieurs linéaires (Nearest means, SVM, …), il a évalué différents modèles prédictifs et proposé un modèle performant permettant de prédire la réponse à un traitement chez des patients atteints de mélanome.

Nizar travaille depuis décembre 2010 en tant que bioinformaticien au Centre National de Génotypage (CNG), au sein de l’Institut de Génomique du CEA. Durant ces 3 dernières années, ses thématiques de recherche au CNG ont essentiellement concerné le traitement de données de méthylome (puces et NGS) et l’identification de marqueurs épigénétiques dans le contexte de maladies complexes comme le cancer. Actuellement il travaille sur l’intégration de données ‘omiques’ issues de technologies de type NGS représentant différentes « vues » d’une situation pathologique (ChIP-seq, MEDIP-seq, RNA-seq,…).
Ses activités de recherche sont accompagnées d’une activité de support bioinformatique auprès des biologistes du CNG : conseil, développement d’outils pour des analyses de routine et mise en place et/ou développement de pipelines de traitement de données.