Nantes (JOBIM 2009)

A l’occasion des Journées Ouvertes en Biologie, Informatique et Mathématiques (JOBIM) 2009, nous nous proposons d’organiser une journée satellite.

Titre : Les opportunités en bioinformatique en France

Date : vendredi 12 juin 2009

Les présentations sont disponibles plus bas, ainsi que l’analyse des questionnaires.

L’avant conférence

Description : Nous organisons une journée consacrée aux opportunités de travail en France pour les jeunes bioinformaticiens.

Cette journée se déroulera en deux temps : une présentation du RSG-France (JeBiF) nouvellement créé, puis une session d’information et de discussion sur les opportunités en bioinformatique en France.

A travers plusieurs intervenants, l’objectif est d’avoir une vision de l’ensemble des options qui se présentent à nous pour faire de la bioinformatique en France, que ce soit dans le monde académique ou dans le monde des entreprises. Comment se passent les concours ? Les qualifications ? Qui ? Quand ? Comment ? Pourquoi ? Quelles différences entre les postes dans le privé ou dans le public ? Quelles entreprises sont susceptibles d’être intéressées par nous, jeunes bioinformaticiens ?

Si ces questions vous interpellent, bloquez la date pour venir en discuter avec nous. Cela sera aussi l’occasion de rassembler la communauté des jeunes bioinformaticiens, de faire connaissance et de discuter des projets qui nous intéressent, qui vous intéressent.

Inscription : L’inscription à cette journée satellite est obligatoire et gratuite. Elle est indépendante de l’inscription à Jobim. Pour vous inscrire, envoyez nous un courriel en indiquant vos nom et prénom (et en conservant le tag « [inscription satellite] » dans le sujet, merci). Le nombre de participants est limité à 40. Les inscriptions seront closes le 10 mai.
Lieu : Cette journée se déroulera à la faculté des sciences, bâtiment 26, salle 211 (PDF du plan du campus par ici). Le campus est accessible par la ligne 2 du tramway, arrêt Michelet (PDF du plan des lignes de tram par là). Il faut compter une petite demi-heure depuis la gare. Attention, il ne s’agit pas de l’endroit où aura lieu Jobim.
Vous pouvez télécharger le kit de survie contenant les informations pratiques, le programme et un petit plan du campus.
Agenda : Nous prévoyons l’agenda suivant, qui peut encore être soumis à des modifications, mais devrait vous permettre de vous organiser :
  • 9h-9h30 : Accueil (thé/café/croissants)
  • 9h30-10h45 : Présentation du projet et de l’association RSG-France (JeBiF), discussion des objectifs
  • 10h45-11h : Pause énergie
  • 11h-12h30 : Présentation des opportunités en bioinformatique dans le secteur privé
  • 12h30-14h : Pause déjeuner (nous mangerons ensemble au restaurant universitaire, des tickets seront fournis)
  • 14h-16h : Présentation des opportunités en bioinformatique dans le secteur académique
  • 16h : Discussion autour de quelques gâteaux secs

Partenariat : Cette journée est soutenue par le groupe de recherche CNRS 3003 en bioinformatique moléculaire (GDR BIM) et le groupe de recherche informatique mathématique (GDR IM).

logo GdR BIM

Programme :

Interventions secteur privé

Nous discuterons des opportunités en bioinformatique dans le secteur privé et notamment :

  • des domaines d’activités de la bioinformatique et de ses perspectives de développement
  • des activités de recherche et développement
  • des partenariats et des projets collaboratifs
  • des opportunités de carrières et de recrutement

Différents intervenants seront amenés à présenter le contexte dans lequel ils travaillent et le parcours qui les y a menés :

Jérome Wojcik nous présentera Merck Serono, la division du groupe Merck KGaA spécialisée dans les médicaments de prescription innovants.

Les médicaments traditionnels sont de petites molécules destinées à traiter les symptômes d’une maladie, chaque molécule étant dirigée sur une cible unique. Ces médicaments sont fabriqués par synthèse chimique et se présentent généralement sous forme de comprimés. Les nouvelles entités chimiques émergent du processus de découverte des médicaments.

Les produits biopharmaceutiques sont eux des molécules de grande taille, par exemple des protéines, qui agissent sur les mécanismes sous-jacents d’une maladie et peuvent atteindre des cibles autrement inaccessibles aux médicaments traditionnels. Les grandes molécules sont produites par des cellules vivantes et le plus souvent administrées par injection.

La recherche effectuée par Merck Serono permet de mettre en œuvre les premières phases de développement clinique sur un certain nombre de petites molécules, de protéines et d’anticorps monoclonaux en proportions équilibrées. Leur processus intégré de découverte de médicaments permet une approche orientée sur les pathologies, qui consiste à sélectionner la méthode thérapeutique la mieux adaptée au traitement d’une maladie spécifique. L’objectif est d’apporter à la pratique clinique le meilleur composé grâce à une approche stratégique basée sur la preuve du concept, afin d’obtenir un mode d’action confirmé chez le patient.

En oncologie, l’objectif de Merck est de développer de nouveaux traitements ciblant de manière spécifique les cellules cancéreuses et mieux tolérés par les patients. Leur recherche est consacrée à tous les aspects de la pharmacologie de la maladie dans le domaine de l’oncologie, avec comme objectif ultime d’augmenter la survie des patients et d’améliorer leur qualité de vie. Cela passe par tous les aspects de la biologie de la maladie et de la recherche pharmacologique dans les domaines des maladies neurodégénératives, maladies auto-immunes et inflammatoires (y compris les pathologies dermatologiques) dans le but d’identifier de nouveaux traitements apportant un soulagement des symptômes, améliorant la qualité de vie et ralentissant ou interrompant la progression de la maladie. Dans le domaine de la fertilité, Merck dispose d’une gamme de protéines thérapeutiques et de technologies permettant d’améliorer la facilité d’administration et les taux de succès chez les patientes recourant à la fécondation in vitro.

Philippe Le Clerc nous présentera Hybrigenics, une Société biotechnologique qui se consacre au développement de médicaments innovents pour lutter contre le cancer et fournit des services spécialisés dans les interactions protéines.

L’approche d’Hybrigenics intègre différentes technologies permettant d’identifier, de sélectionner et de valider de nouvelles cibles thérapeutiques fonctionnellement impliquées dans la pathologie ciblée. Leur plateforme combine des essais phénotypiques cellulaires mettant en œuvre des approches de génétique fonctionnelle à de la cartographie d’interactions protéine-protéine afin d’appréhender les mécanismes d’action moléculaires des cibles d’intérêt.
Ces cibles sont ensuite exploitées par la Société pour identifier et développer des petites molécules bio-actives, futurs candidats médicaments, en mettant en œuvre des approches et des technologies spécifiques de la classe de cibles abordée.

Hybrigenics conduit ses propres programmes de découverte de médicaments, principalement en oncologie. La société a développé et met en œuvre l’ensemble des étapes conduisant de l’identification de cible à l’obtention de la preuve de principe dans des modèles animaux, y compris le criblage des petites molécules, l’optimisation de têtes de série et l’évaluation préclinique de candidats médicaments.

Stéphane Graziani nous présentera la société ISoft.

Depuis 1990, cette société offre des outils et des solutions de traitement de l’information, d’analyse et d’exploitation des données pour la valorisation du capital client. ISoft offre une gamme complète d’outils et de services dédiés aux domaines de la gestion de la relation client (CRM), de l’analyse comportementale, de la modélisation et de l’analyse des données, du data mining et du data morphing.

En termes de recherche en bioinformatique, ISoft participe au projet ANR IntegraTCell qui vise à analyser et modéliser certaines étapes responsables de la spécificité immunitaire des lymphocytes T. Dans le cadre de ce projet, Amadea Biopack est utilisé pour analyser les données de ChIP on chip et de transcriptome, en lien avec de nombreuses bases de données concernant les éléments régulateurs, l’annotation des génomes, les pathways, etc. Les autres partenaires d’IntegraTCell sont le CIML (Centre d’Immunologie Marseille-Luminy), le CPT (Centre de Physique Théorique, Marseille) et l’unité INSERM TAGC (Technologie avancée pour le Génome et la Clinique).

Interventions secteur académique

Lors de la session académique, nous discuterons des opportunités de travail en Université, dans différents Établissements Public à caractère Scientifique et Technologique (EPST), comme le Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), l’Institut National de la Recherche Agronomique (INRA) et l’Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM).

Les objectifs de cette session sont de présenter des débouchés, des démarches conduisant à un poste et des statistiques d’obtention de poste. Pour cela, nous avons fait appel à quatre intervenants qui nous feront part de leurs expériences :

Les quatre intervenants parleront des étapes susceptibles de précéder l’obtention d’un poste : les CDD, les postes d’attachés temporaires d’enseignement et de recherche (ATER), les qualifications. Quelles démarches pour obtenir ces postes ? Quels postes suite à ces contrats? Ils nous présenteront également le Conseil national des Universités (CNU) et ses objectifs ainsi que le Doctorat Conseil. Enfin, ils feront un bilan concernant les postes d’Assistant Ingénieur (AI), d’Ingénieur d’Etude (IE), d’Ingénieur de Recherche (IR), de Chargé de Recherche (CR), de Directeur de Recherche (DR), de Maitre de conférences, Professeur.
Chacun présentera les thématiques étudiées et plus spécifiquement les projets de bioinformatiques, les modalités et les statistiques de recrutement, ainsi que les perspectives d’évolutions propres à leur EPST / propre à un poste d’universitaire.

Vous trouverez à cette adresse le descriptif de la journée satellite que nous organisons, en espérant vous y voir nombreux :

http://www.jobim2009.org/spip.php?article26

L’après conférence

Les présentations sont disponibles au format PDF :

Pendant cette journée, un questionnaire a été distribué aux participants. Vous trouverez ci-dessous le questionnaire et l’analyse des résultats. Bonne lecture et merci aux participants qui ont pris la peine de répondre !