Intervenants – JeBiF Workshop @ JOBIM 2011 @ Paris

Métiers et carrières de la bioinformatique

JeBiF Workshop @JOBIM 2011 : Métiers et carrières de la bioinformatique


Juliette Martin, Intervenante JeBiF Workshop @ JOBIM 2011

Juliette Martin, CNRS

Discussion: Revenir en France après une expérience à l’étranger

Juliette Martin est une experte en analyse des protéines. Elle a réalisé sa thèse à l’unité Mathématique Informatique et Génomes de l’INRA, à Jouy en Josas, et l’a soutenue en 2005. Elle a développé des méthodes basées sur les HMM (chaînes de Markov cachées) permettant de prédire la structure secondaire des protéines. Juliette a été Attachée Scientifique Contractuelle à l’INRA jusqu’en 2008, ce qui lui a entre autre permis d’être financée pour 3 années de postdoctorat. Puis elle a rejoint l’ Equipe de Bioinformatique Génomique et Moléculaire de Paris 7 pendant 1 ans et demi. Apres ce postdoctorat, Juliette est partie en Inde où elle est restée un an. Grâce à son expertise en analyse des protéines, c’est lors de ce postdoctorat que Juliette a obtenu un poste de Charge de Recherche CNRS. Elle travaille depuis 2008 à l’Institut de Biologie et de Chimie des Protéines, à Lyon.

En savoir plus : http://juliettemartin.fr/index_en.php


Alain Denise,  Intervenant JeBiF Workshop @ JOBIM 2011

Alain Denise, Université Paris-Sud

Discussion: Le recrutement dans les organismes publics

Alain Denise est professeur à l’université Paris-Sud, à Orsay. Docteur en Informatique de l’université Bordeaux 1 en 1994, il a d’abord travaillé en analyse combinatoire puis s’est tourné vers la bioinformatique depuis une dizaine d’années. Il a contribué à créer le GDR CNRS de Bioinformatique Moléculaire et en a été le directeur de 2006 à 2009. Il est membre du Comité National de la Recherche Scientifique. Il est aussi coresponsable du Master de Bioinformatique et Biostatistiques de l’université Paris-Sud et de l’Ecole Polytechnique. Il effectue ses recherches dans deux laboratoires de l’université Paris-Sud et du CNRS, le LRI et l’IGM, ainsi qu’à l’INRIA Saclay (projet AMIB).

En savoir plus : http://www.lri.fr/~denise


 Philippe Marlière, Intervenant JeBiF Workshop @ JOBIM 2011

Philippe Marlière, Global Bioenergies S.A.

Discussion: Brevetages et transferts de technologies

Normalien (1976, Ulm) et titulaire d’une thèse en Biochimie de l’université Paris 7 (1983), Philippe Marlière commence sa carrière en recherche académique à la tête du groupe de Génétique Acquisitive à l’Institut Pasteur, de 1987 à 1999. En 1999, il devient conseiller du directeur du Genoscope pour la microbiologie industrielle. La carrière de Philippe Marlière se tourne par la suite vers l’industrie lorsqu’en 2000 il co-fonde Evologic SA (biologie synthétique et évolution dirigée). En 2005 Il devient aussi co-fondateur et président de Isthmus SARL (Conception de bio-procédés et services pour l’industrie). En 2007, il co-fonde et préside Heurisko USA Inc (microbial fluidics & génétique automatisée). Depuis 2008, il est conseiller du directeur des Sciences du Vivant du CEA pour la biologie synthétique. Il participe depuis à la création de deux nouvelles entreprises de biotechnologies : Global Bioenergies SA en 2008 (ingénierie métabolique, biocarburants) et Alderys SAS en 2010 (métabolic design, Food, feed, commodities).


Peter Clote, Intervenant JeBiF Workshop @ JOBIM 2011

Peter Clote, Boston College

Discussion: La recherche à l’international

Diplomé du MIT en mathématiques (B.Sc. en 1973) et de Duke University (PhD en 1979), Peter Clote arrive en France et prépare avec succès un Doctorat d’État à l’université Paris VII (1985). Peter Clote occupe par la suite les postes de Maitre assistant en mathématiques à Paris VII, professeur de sciences informatiques et professeur de Biologie à Boston College. De 1995 à 2000, il tient la chaire Gerhard Gentzen en informatique théorique à l’université Louis-et-Maximilien de Munich, où il dirige notamment une école doctorale en bioinformatique à partir de 1999. Peter Clote est à ce jour l’auteur de plus de 90 publications dans des journaux à comité de lecture, des compte-rendus de conférences et de contributions à des livres.

En savoir plus : http://bioinformatics.bc.edu/clotelab/


Mathieu Blanchette, Intervenant JeBiF Workshop @ JOBIM 2011

Mathieu Blanchette, McGill University

Discussion: La recherche à l’international

Mathieu Blanchette est professeur associé à l’université McGill (Montréal, Canada). Après des études à l’université de Montréal (1994-1998), Mathieu Blanchette obtient son PhD à l’université de Washington (« Algorithms for phylogenetic footprinting », Seattle, 2002), dans le laboratoire de Martin Tompa. Il effectue ensuite un stage post doctoral d’un an à l’université de Californie (Santa Cruz), dans le laboratoire de David Haussler au cours duquel il participe à de nombreux travaux de génomique comparative. Il revient alors au Québec, et étant recruté à McGill university en tant que professeur assistant. Depuis, il dirige une équipe spécialisée dans le développement d’algorithmes de détection de régions fonctionnelles dans des données de séquence.

En savoir plus : http://www.cs.mcgill.ca/people/faculty/profile?uid=blanchem


Adrien Coulet, Intervenant JeBiF Workshop @ JOBIM 2011

Adrien Coulet, Université de Nancy

Discussion: Revenir en France après une expérience à l’étranger

Adrien Coulet est un expert en pharmacologie. Après une thèse à l’INRIA de Nancy durant laquelle il développe une méthode d’extraction d’information dans des bases de données pharmacogénétiques, Adrien part aux États-Unis pour effectuer un stage post-doctoral à Stanford University dans les équipes de Russ Altman et Mark Munsen. Adrien est par la suite revenu en France pour devenir Maitres de conférences à l’Université de Nancy.

En savoir plus : http://www.loria.fr/~coulet/Welcome.html


Franck Molina, Intervenant JeBiF Workshop @ JOBIM 2011

© E. Perrin/CNRS Photothèque
Franck Molina, CNRS

Discussion: les passerelles public-privé

Franck Molina est le directeur de Sysdiag, un laboratoire unique en Europe entièrement dédié au diagnostic clinique. L’originalité de Sysdiag tient aussi au fait que ce laboratoire est une unité mixte public/privé, réunissant des chercheurs rattachés soit au CNRS, soit à la multinationale Bio-Rad. Sysdiag regroupe une plateforme de modélisation bioinformatique et deux plateformes expérimentales, et cette structure permet un rapide transfert technologique qui a permit le dépôt de nombreux brevets et la création d’outil diagnostics depuis 2006.

En savoir plus : http://www.sysdiag.cnrs.fr/


Pierre Legrain, Intervenant JeBiF Workshop @ JOBIM 2011

Pierre Legrain, CEA

Discussion: retourner dans le public après une expérience dans le privé, c’est possible ?

De 1981 à 1998, Pierre Legrain développe son activité scientifique à l’Institut Pasteur, période durant laquelle il fait un post-doc de deux ans à Brandeis University, USA. Sa recherche est alors centrée sur l’épissage alternatif des ARNs pré-messagers. Il s’intéresse par la suite à la protéomique, et développe une méthodologie dérivée des cribles double-hybride (Y2H) adaptée à la détection à grande échelle d’interactions proteine-proteine. C’est sur cette base qu’il fonde en 1998 Hybrigenicsdont il devient le directeur jusqu’en 2003. En Septembre 2003, Pierre Legrain devient directeur de recherche au sein de la Direction des Sciences du Vivant (DSV) du CEA. En 2007, il devient directeur de la DSV dont il dirige les huit instituts. Ses activités de recherche couvrent alors un large spectre de sujets, de la biologie structurale à la neuroimagerie, en passant par l’ingénierie métabolique (bioénergies). En 2009 et 2010, Pierre Legrain occupe le poste de secrétaire général de la Human Proteome Organization (HUPO). Il est project manager depuis 2009 du Human Proteome Project. Il travaille actuellement au développement d’un projet sur les évidences moléculaires liées aux traits héritables.


Olivier Gascuel, Intervenant JeBiF Workshop @ JOBIM 2011

© E. PERRIN/CNRS Photothèque
Olivier Gascuel, CNRS

Discussion: le recrutement dans les organismes publics

Après des études supérieures en mathématiques, Olivier Gascuel s’est intéressé à l’informatique durant sa thèse, et commença ses travaux de recherche en bioinformatique pendant les années 80, aux balbutiements de l’ère génomique, à l’époque où les interactions entre communautés informatiques, mathématiques et biologique se sont intensifiées. Son premier centres d’intérêt en bioinformatique a été d’appliquer des méthodes de machine learning en analyse de séquences et en prédiction de structure protéique. Depuis les années 90, Olivier Gascuel s’est concentré sur des études phylogénétiques, avec un intérêt prononcé pour les mathématiques et outils informatiques qui y sont associés. Il dirige maintenant une groupe de recherche du CNRS à Montpellier. Olivier Gascuel est l’auteur de plus de 120 articles et chapitres. Il est aussi l’éditeur associé de la revue Systematic Biology ainsi qu’éditeur dans plusieurs journaux bioinformatiques.

En savoir plus : http://www.lirmm.fr/~gascuel/recherche.html


Pierre Lindenbaum, Intervenant JeBiF Workshop @ JOBIM 2011

Pierre Lindenbaum, Inserm

Etre Bioinformaticien à l’heure des réseaux sociaux et du Web 2.0

Pierre Lindenbaum a obtenu son doctorat en virologie à l’INRA de Jouy-en-Josas en 2000. Pendant sa thèse, il a eu à developper son propre outil d’analyse ce qui l’a progressivement orienté vers la bioinformatique. Après une année au Centre National de Genotypage (Evry) il a été engagé en tant que bioinformaticien au sein de la Start-up Integragen (Evry) pour travailler sur des données de Genotypage. Il a ensuite intégré la Fondation Jean-Dausset (CEPH) à Paris pendant 1 an avant de déménager à Nantes, où il travaille maintenant en tant que postdoc sur des données de Séquençage à haut débit au sein de l’unité INSERM UMR915.

En savoir plus:


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