JeBiF @ JOBIM 2024 (Toulouse)

JeBiF @ JOBIM 2024 Toulouse

JeBiF organise son premier hackathon lors de JOBIM 2024 à Toulouse.

Date et lieu

Quand ? Lundi 24 juin 2024 & Mardi 25 juin 2024

Où ? Université Toulouse III – Paul Sabatier


Calendrier

22 avril 2024 : Ouverture des inscriptions
2 juin 2024 : Fermeture des inscriptions
24 et 25 juin 2025 : Hackathon


Programme (PDF, disponible sur GitHub)

24 juin
 


9 h – 9 h 30 | Introduction
 

  • Accueil des participant.e.s
  • Présentation de la Société Française de Bioinformatique
  • Présentation du workshop

Au cours de cette première partie, nous allons vous présenter les outils permettant d’assurer la reproductibilité des analyses bio-informatique.

9 h 30 – 10 h 30 | Concepts clés de la reproductibilité – Partie 1
 

  • Git, Un outil pour le contrôle des versions

10 h 30 – 10 h 45 | Pause
 

10 h 45 – 11 h 45 | Concepts clés de la reproductibilité – Partie 2
 

  • Conda et Mamba pour le partage du code

11 h 45 – 13 h 30 | Repas
 

13 h 30 – 14 h 30 | Concepts clés de la reproductibilité – Partie 3
 

  • Construire des pipelines reproductibles et modulables, utiliser Nextflow et Snakemake pour l’analyse des données.

14 h 30 – 15 h 30 | Concepts clés de la reproductibilité – Partie 4
 

  • Ça sert à quoi les conteneurs ? Introduction à Docker

15 h 30 – 15 h 45 | Pause
 

15 h 45 – 16 h 00 | Présentation du projet
 

Dans la deuxième partie, venez mettre en application tout ce que vous aurez appris, au cours d’un projet.

16 h 00 – 18 h 00 | À vos marques, prêt, codez
 

18 h 30  JeBiF Pub


25 juin
 


9 h 00 – 11 h 45 | C’est reparti pour coder
 

11 h 45 – 12 h 00 | Mot de la fin
 

  • Remerciement
  • Présentation de JeBiF

12 h 00 – 12 h 45 | Repas (chacun de son côté)
 

12 h 45| En route pour JOBIM
Départ groupé pour JOBIM.


Inscription

Pour vous inscrire : https://jebif.fr/events/hackathon/


Social Event

Le soir du lundi 24 juin aura lieu un social event.


Comité d’organisation

        • Sébastien Gradit
        • Elisabeth Hellec
        • Julien Fumey
        • Jérémy Rousseau
        • Benjamin Loire
        • Baptiste Imbert
        • Arthur Durante
        • Samuel Ortion
        • Ravy Leon Foun Lin
        • Maxime Ulysse Garcia
        • Savandara Besse