Clermont-Ferrand (JOBIM 2015)

[:fr]Les lieux de la bioinformatique | JeBiF Workshop @ JOBIM 2015 Clermont-Ferrand

En 2015, JeBiF sera dlogoJOBIMe nouveau présent à JOBIM, la conférence majeure de Bioinformatique en France organisée par la SFBI.

Programme

  • Quand ? Le dimanche 5 juillet 2015 de 14h à 18h et le lundi 6 juillet 2015 de 9h à 12h
  • Où ? Le workshop aura lieu dans le même centre que JOBIM, au Polydome de Clermont-Ferrand (adresse : Place du Premier Mai, Clermont-Ferrand).

Planning

Dimanche 5 juillet après-midi

  • 13h30 -14h00 : Accueil
  • 14h00 – 14h10 : Ouverture
  • 14h10 – 14h30 : Présentation JeBiF et Regional Student Group (RSG)
  • 14h30 – 14h45 : Présentation – GenoSplice
  • 14h45 – 16h10 : Session 1 : Travailler dans le public et dans le privé
  • 16h10 – 16h30 : Pause
  • 16h30 – 16h50 : Présentation – Formations de bioinformatique en Auvergne
  • 16h50 – 17h45 : Session 2 : Travailler à l’étranger
  • 17h45 – 18h00 : Clôture de la journée

Dimanche 5 juillet soir

Social Event au café Pascal

Lundi 6 juillet matin

  • 9h00 – 9h15 : Présentation – Bioaster
  • 9h15 – 10h15 : Session 3 : Être bioinformaticien dans le domaine médical
  • 10h15 – 10h35 : Pause
  • 10h35 – 10h50 : Présentation – Bioinfo-fr
  • 10h50 – 11h50 : Session 4 : Se construire et travailler avec un réseau
  • 11h50 – 12h00 : Clôture du Workshop
  • À partir de 12h : Repas

Ce programme est donné à titre indicatif et est susceptible de changer.

Intervenants

Magali Berlandmagaliberland

Inra Jouy-en-Josas

Magali est docteure en bioinformatique & modélisation statistique et ingénieure de l’INSA de Lyon (promotion 2010). Après avoir été enseignante-chercheuse à l’université de Nantes, elle a rejoint en septembre 2014 l’équipe InfoBioStat de l’unité MetaGenoPolis dont l’objectif est, à terme, de permettre de nouvelles découvertes sur le rôle du microbiote intestinal sur la santé humaine. Elle est en charge de projets d’analyses statistiques et de développements méthodologiques pour l’exploration de données métagénomiques massives.

Alexandre Borrelalex

Université Paris 7 et University of Helsinki

Après un Master en bioinformatique à l’université Paris Diderot, Alexandre est actuellement en troisième année de doctorat joint entre l’université de Helsinki et l’université Paris Diderot. Il travaille dans le domaine de la recherche de médicaments par ordinateur en développant des modèles statistiques de profilage poches protéique, molécules thérapeutiques. Il a aussi été président de JeBiF de 2012 à 2014.

Romy Chen Min Taoromy

Institut Gustave Roussy

Après un master de Bioinformatique à Paris 7, Romy a eu son premier poste d’IE à l’institut de Biologie de l’Ecole Normal Supérieur dans une équipe de biologistes travaillant sur des problématiques épigénétique et épigénomique végétale. Elle travaille aujourd’hui sur la plateforme de Bioinformatique de l’Institut Gustave Roussy où elle a pour mission principale de faire l’analyse Copy Number sur des données de puces dans le cadre de traitements personnalisés contre le cancer. Romy est également vice-présidente de JeBiF.

Frédéric Lemoinephoto_fred_lemoine

Genosplice

Frédéric est bioinformaticien chez GenoSplice, plateforme privée de service en bioinformatique.
Après une thèse en Bioinformatique à l’Université Paris-Sud, tournée vers l’intégration de données de génomique comparative, il s’est intéressé au séquençage à haut débit lors de son postdoctorat à l’Université de Lausanne.
Chez GenoSplice, il est aujourd’hui en charge des projets bioinformatiques de séquençage à haut débit, et plus particulièrement de RNA-Seq.

Christophe Malabatchristophe

Institut Pasteur

Après une thèse à l’INRA et un post-doc chez Danone, Christophe a intégré l’Institut Pasteur en 2007 en tant qu’ingénieur bioinformaticien dans l’unité de génétique des interactions macromoléculaire dirigée par Alain Jacquier.
Depuis 8 ans Christophe effectue les analyse de données (NGS, puces, mass spec), conçoit les stystème de stockage et de récupération des données et développe des applications et interface de traitement et de visualisation.
Depuis fin 2014, Christophe co-dirige le Hub de bioinformatique et biostatistique au sein du Centre de Bioinformatique, Biostatistique et Biologie Intégrative (C3BI).

Magali Michautmagali

Netherlands Cancer Institute

Ingénieur de formation, Magali a effectué ses premiers pas en recherche au sein du CEA Saclay en étudiant notamment les réseaux d’interactions protéine-protéine chez les bactéries. Après un séjour à l’EBI à Hinxton (UK), elle a obtenu une thèse en bioinformatique à l’Université d’Orsay. Elle a ensuite porté ses recherches sur les interactions génétiques chez la levure au cours d’un postdoc avec Gary Bader à l’Université de Toronto (Canada). C’est finalement au Netherlands Cancer Institute à Amsterdam (Pays-Bas) qu’elle a posé ses valises et où elle a obtenu un poste de chercheur en génomique du cancer.

Magali a été fortement impliquée dans le Student Council de l’ISCB, dont elle a été élue secrétaire, et a en particulier créé le RSG-France (association JeBiF) lors de la fin de sa thèse. Elle a également fait partie du bureau de la SFBI pendant trois ans.

Yoann MouscazYoannMouscaz_profile

Bioaster

Issu de la promotion 2011 du Master Bioinformatique de Bordeaux, Yoann a travaillé 4 ans à l’EPFL (Suisse). D’abord dans le laboratoire Trono puis dans le laboratoire Duboule, il fut ensuite rattaché à la plateforme de bioinformatique et de biostatistiques de l’EPFL où il a développé BioRepo, un LIMS (Laboratory Information Management System) pour les données issues de HTS. Il est actuellement ingénieur bioinformaticien – data manager au sein de l’Institut de Recherche Technologique BIOASTER à Lyon.

Yoann est également l’un des co-fondateur de bioinfo-fr.net, blog communautaire scientifique francophone axé autour de la bioinformatique.

Bastien Rance

Hôpital Européen Georges Pompidou

Stéphane Téletchéa

Université de Nantes

Comité d’organisation

  • Julien Fumey (Doctorant, EGCE UMR 9191, CNRS – Université Paris Sud)
  • Emmanuelle Lastrucci (Ingénieure d’études, IBENS)
  • Romy Chen Min Tao (Ingénieure d’études, Institut Gustave Roussy)
  • Sylvain Léonard (Ingénieur d’études, UMR_S 1134 Inserm, Université Paris Diderot, INTS)
  • Alexandre Borrel (Doctorant, Université Paris Diderot et University of Helsinki)
  • Nolwenn Lavielle (IE, UMR 946 Inserm, Université Paris Diderot)

Inscription

Les inscriptions sont gratuites mais obligatoire. L’inscription au workshop JeBiF est indépendante de l’inscription à JOBIM.

Le workshop étant complet, les inscriptions sont closes.

Soutiens

JeBiF est soutenu par le GdR BIM pour l’organisation de ce workshop.

GDR BIM[:en] 

 Programme

  • When ? Sunday, July 5 2015 from 14 to 18 and Monday, July 6 2015 from 9 to 12
  • Where ? Polydome, Place du Premier Mai, Clermont-Ferrand

Schedule

Sunday, July 5 afternoon

  • 13.30 -14.00 : Reception
  • 14.00 – 14.10 : Opening
  • 14.10 – 14.30 : Presentation of JeBiF and Regional Student Group (RSG)
  • 14.30 – 16.00 : Session 1
  • 16.00 – 16.20 : Pause
  • 16.20 – 16.30 : Presentation partner
  • 16.30 – 17.45 : Session 2
  • 17.45 – 18.00 : Closing

Sunday, July 5 evening

Social Event

Monday, July 6 morning

  • 9.00 – 9.20 : Breakfast
  • 9.20 – 9.30 : Opening
  • 9.30 – 10.30 : Session 3
  • 10.30 – 10.40 : Partner presentation
  • 10.40 – 11.45 : Session 4
  • 11.45 – 12.00 : Conclusion

This program is for information purposes only. It is likely to change.

Registration

Registration are free but mandatory. The registration to the JeBiF workshop is independent from the registration to the main JOBIM conference.

To register, please fill the formula on this page.

Speakers

Information not available yet.

Organizing comittee

  • Julien Fumey (Ph.D. Student, EGCE UMR 9191, Université Paris Sud)
  • Emmanuelle Lastrucci (Engineer, IBENS)
  • Romy Chen Min Tao (Engineer, Institut Gustave Roussy)
  • Sylvain Léonard (Engineer, UMR_S 1134 Inserm, Université Paris Diderot, INTS)
  • Alexandre Borrel (Ph.D. Student, Université Paris Diderot et University of Helsinki)
  • Nolwenn Lavielle (IE, UMR 946 Inserm, Université Paris Diderot)

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