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- Où?
Institut Universitaire de Technologie de Clermont-Ferrand
- Langue de la formation
Formation en Français
On parle de la formation sur Bioinfo-fr
- Contact de référence
Contact de référence : Valérie polonais
- La formation en quelques mots clefs
Analyse de données de NGS ; méthodes bioinformatiques; Génétique ;Génomique et épigénétique
- Description de la formation
Objectifs
Former des techniciens supérieurs possédant une double compétence biologie/informatique, et pouvant intégrer toute structure travaillant sur la production et l’analyse de données biologiques telles que les laboratoires de recherche publics ou privés, les industries de biotechnologies, pharmaceutiques, les sociétés de service en informatique en lien avec le secteur de la santé et, plus généralement, pour toutes les entreprises utilisant les biotechnologies et la bioinformatique.
Compétences visées
A l’issue de la formation, les étudiants seront capables de :
– Développer des logiciels sous la direction d’un cadre ou chercheur en biologie (applications bioinformatiques à façon, chaînage d’applications…)
– Concevoir des systèmes d’information dédiés à l’organisation, l’exploitation et l’analyse de données produites par les secteurs de la biologie et de la santé
– Administrer des ressources bio-informatiques (matériels et logiciels bio-informatiques, sites internet, bases de données en ligne, …)
– Assurer la communication entre les chercheurs de différentes spécialités
– Réaliser la préparation du matériel biologique à analyser (extractions ADN, ARN, protéines….)
Grâce à leurs connaissances en génomique et post-génomique, ils seront capables d’extraire les informations pertinentes de données de masse. Ce travail sera facilité par les connaissances théoriques et pratiques qu’ils seront capables de mettre en œuvre (séquençage, biopuces ADN, protéomique…), ainsi que par leur double compétence biologie/informatique.
Les plus de la formation
Cette formation est la seule dans ce domaine au niveau national.
Chaque enseignement intègre intimement la biologie et l’informatique. Les étudiants acquièrent une double compétence très appréciée sur le marché du travail dans les secteurs liés aux biotechnologies. Au cours de la formation, il est proposé aux étudiants de passer le CLES et le C2i afin de faire certifier leurs compétences dans les domaines de la communication en anglais et de l’informatique. Un stage de fin d’études de 10 semaines minimum est obligatoire. Il permet de mettre en situation et en application les connaissances acquises dans un environnement professionnel. Il peut avoir lieu à l’étranger (Pays-Bas, Nouvelle-Zélande, Angleterre…). Les thématiques abordées au cours des stages sont très variées :
-Développement d’un outil dédié à l’annotation des génomes microsporidiens
-Reconstruction de génomes ancestraux de levures Intégration des méthodes de prédiction de la structure secondaire des protéines au sein du serveur NPSA
-Mise en place d’une stratégie de fouille de données appliquée à l’analyse de l’effet du stress sur le transcriptome musculaire
-Développement de méthodes d’analyses bio-informatiques d’amplicons issus des nouvelles techniques de séquençage
-Détection automatique de motifs dans l’ADN à partir de données ChIP-on chIP
-Automatisation du nettoyage des séquences de BAC end et amélioration de l’assemblage des séquences issues de la technologie 454
-Intégration de programmes bioinformatiques pour la phylogénie dans le gestionnaire de workflow Galaxy
-Mise en place d’une pipeline d’annotation[:]