Les Experts : Bioinfo

Les ateliers présentés sur cette page ont été préparés par JeBiF à l’occasion de la Fête de la Science 2018. Ils ont été présentés par les bénévoles de l’association à la Cité des Sciences et au village des Sciences de l’Université Pierre et Marie Curie.

Nous les mettons à la disposition de la communauté afin qu’ils soient réutilisés. Ils sont distribués sous licence CC-BY. N’hésitez pas à les reprendre et à les modifier. 

Le but de ces ateliers est de présenter de façon ludique différents aspects de la bioinformatique et notamment la génomique et la biologie structurale.

Introduction des ateliers

Contexte : Nounours, la mascotte de JeBiF, était invité à dîner chez un des anciens président de l’association. Depuis, il se tord de douleur. Il est allé voir son médecin qui lui a indiqué qu’il avait attrapé une maladie nommée Blastouille qui est causée par une bactérie. Le médecin lui a donc prescrit des antibiotiques. Malheureusement, ceux-ci n’ont pas été efficaces. Nounours s’est donc tourné vers les bioinformaticiens pour essayer d’identifier la bactérie qui le rend malade et pourquoi les antibiotiques prescrits ne fonctionnent pas.

Après avoir expliqué le contexte aux participants, chacun se voit remettre une fiche d’enquête qu’il pourra remplir durant les 3 ateliers.

Atelier 1 : Statistiques

Le but de cet atelier va être d’identifier la famille de bactérie qui rend Nounours malade, grâce à un prélèvement. Ce premier atelier va surtout permettre de montrer l’importance des statistiques et le rôle du hasard en biologie.

Concrètement, nous avons placé des jetons en plastique (réalisé à la découpeuse laser du fablab de la Cité des Sciences, voir fichier en bas de cette page). Ces jetons sont de quatre couleurs différentes, représentant les quatre familles de bactéries pouvant potentiellement rendre Nounours malade : Rougeocoques, Bleufidus, Versinia et Pseudojaunasse. Évidemment, il faudra s’être assuré avant d’avoir biaisé le contenu du sac pour avoir un plus grand nombre de jetons de la famille qui rend malade que des autres.

Après explication, chaque enfant est invité à tirer dans le sac une poignée de jetons et à les répartir sur la table en fonction de leur couleur. Après que chacun ait réalisé cette étape, il devient rapidement évident qu’une couleur (nous avions choisi Versinia) est très fortement présente. L’hypothèse qui peut alors être émise est que c’est une bactérie de cette famille qui rend Nounours malade.

Mais, les trois autres couleurs étant également présente, il faudrait pouvoir s’assurer que c’est bien cette famille. Il s’agit ici de faire comprendre l’importance des contrôles en biologie. Pour cela, nous disposons d’un deuxième sac qui est un prélèvement effectué chez Snippy, le frère de Nounours, qui n’est pas malade. Ce sac est lui biaisé dans le sens inverse du premier. La même opération est alors répétée.

Après avoir rangé tous les jetons tirés par couleur, on conclut qu’une bactérie de la famille Versinia est très probablement responsable de la blastouille de Nounours.

Atelier 2 : Génomique

Atelier 3 : Bioinformatique structurale